Lectures

Dashboards

• covidtracker

• COVID-19 Daily Epidemic Forecasting (code)

• COVID-19 - France

• EndCoronavirus.org

Articles de journaux

• Données épidémiologiques: la pénurie cachée

Données publiques

• Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l’épidémie de COVID-19 (open.data.gouv.fr)

• COVID-19, données mise à jour quotidiennement reprenant les décomptes pour chaque pays

• Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l’épidémie de COVID-19

• Population par tranche d’âge et sexe (estimations localisées de population)

• Densité de population (habitants au km2) 2016

• Matrices de contacts française

• Data Drees

• SNCF - COVID-19 : évolution de la mobilité des français

• PopulationPyramid.net, le même site sur les départements français serait une bonne idée

Lectures

Pasteur

• EPIDÉMIOLOGIE DU SARS-COV-2 DANS UNE POPULATION VACCINÉE ET IMPLICATIONS POUR LE CONTRÔLE D’UN REBOND AUTOMNAL

Modèles

• CODATA

• Un panorama des recherches contre le COVID-19 dans le domaine des sciences et technologie de l’information

• Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020

• Modélisation de l’épidémie de COVID-19

• AI v Covid-19 (catalogue d’articles)

• Inferring COVID-19 spreading rates and potential change points for case number forecasts

• Des chercheurs revoient le seuil d’immunité collective à la baisse

• Economic considerations for social distancing and behavioral based policies during an epidemic

Biology

• Coronavirus : au cœur de la bataille immunitaire contre le virus, cet article explique de façon très claire comment les échanges entre le virus et le corps humain.

Une série d’articles intéressants…

• Coronavirus: Learning How to Dance (Part 1)

• Coronavirus: The Basic Dance Steps Everybody Can Follow (Part 2)

• Coronavirus: How to Do Testing and Contact Tracing (Part 3)

Et la critique que France Culture faisait de l’auteur le 16 mars 2020 sur son article Coronavirus : Agissez Aujourd’hui : Coronavirus : une épidémie de faux articles scientifiques.

Study

• MODELING COVID-19 IN THE UNITED STATES (dashboard)

• Effectiveness of social distancing strategies for protecting a community from a pandemic with a datadriven contact network based on census and real-world mobility data

• Epidemiological characteristics of COVID-19 cases in Italy and estimates of the reproductive numbers one month into the epidemic

• Effectiveness of social distancing strategies for protecting a community from a pandemic with a data-driven contact network based on census and real-world mobility data

• Mobile phone data and COVID-19: Missing an opportunity?

• Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France

• Experts envision two scenarios if the new coronavirus isn’t contained

• OpenSAFELY: factors associated with COVID-19-related hospital death in the linked electronic health records of 17 million adult NHS patients.

• Individual variation in susceptibility or exposure to SARS-CoV-2 lowers the herd immunity threshold

SIR

• MODELING PANDEMICS (3), modèle SIR par Arthur Charpentier

• Propagation of the SARS-CoV-2 coronavirus, modèle SLIADRE

• COVID-19 dynamics with SIR model

• Infectious Disease Modelling: Beyond the Basic SIR Model

• Infectious Disease Modelling: Fit Your Model to Coronavirus Data, notebook

• COVID-19 pandemic control: balancing detection policy and lockdown intervention under ICU sustainability

R0

• The R0 package: a toolbox to estimate reproduction numbers for epidemic outbreaks

• Estimating the overdispersion in COVID-19 transmission using outbreak sizes outside China

• A Robust Stochastic Method of Estimating the Transmission Potential of 2019-nCoV

• Data driven inference of the reproduction number (R0) for COVID-19 before and after interventions for 51 European countries

P0

• P0: Progress to zero: A simple metric to measure COVID-19 progress by country/region

SIR + Kalman

• Infection Modeling — Part 1

• An Improved State Filter Algorithm for SIR Epidemic Forecasting

• Ensemble Kalman Filter, Extended Kalman filter

• Data Assimilation Using an Ensemble Kalman Filter Technique

• Extended Kalman Filter: Why do we need an Extended Version?

• Ensemble Kalman Filtering without a Model

Simulation micro

• Measurability of the epidemic reproduction number in data-driven contact networks

• Modelling the coronavirus epidemic in a city with Python

• A mathematical model for the spatiotemporal epidemic spreading of COVID19

• Modeling the spatial spread of infectious diseases: the GLobal Epidemic and Mobility computational model, cet article contient notemment des matrices de contacts venant de l’article qui suit.

• Using Data on Social Contacts to Estimate Age-specific Transmission Parameters for Respiratory-spread Infectious Agents

• Unifying Markov Chain Approach for Disease and Rumor Spreading in Complex Networks

• Modèle CAST, notebook, py-propagsim

• Modelling the coronavirus epidemic in a city with Python

Temporal Point Process

• COVID-19 machine learning projects at Max Planck Institute

• Learning with Temporal Point Processes

• An Introduction to Event History Analysis

• Survival and Event History Analysis, A Process Point of View

• An Introduction to the Theory of Point Processes, volume I, Elementary Theory and Methods, 2nd Edition

• An Introduction to the Theory of Point Processes, volume II, General Thoery and Structure, 2nd Edition

Modules

• pyepydemic, comme ce modules, il permet de simuler une épidémie mais il ne permet pas d’estimer les coefficients ce qui est l’objectif visé ici.

• Mathematics of Epidemics on Networks, c’est autant un livre qu’un module.

Code

• EpiEstim (R), estimation du R

• epyestim (python), estimation du R

• Bayesian inference and forecast of COVID-19

• A Spatiotemporal Epidemic Model to Quantify The Effects of Testing, Contact Tracing and Containment

• COVID-19 CovidSim Model (R + C++)

• pyross, PyRoss: Infectious disease models in Python

Tools

• Analytics can identify infected patients

2021

• Le COVID 19, les gènes et le comportement, cet article relie le taux de mortalité par pays avec certaines caractéristiques de la population, groupe sanguin, obésité, âge moyen, enzyme ACE, ACE II.