2013-11-30 More about interactive graphs using Python, d3.js, R, shiny, IPython, vincent, d3py, python-nvd3
I recently found this url The Big List of D3.js Examples. As d3.js is getting popular - their website is pretty nice -, I was curious if I could easily use it through Python. After a couple of searches (many in fact), I discovered vincent and some others. It ended up doing a quick review. Every script was tested with Python 3.
Contents:
- Graphs with IPython and QtConsole
- Graphs with IPython Notebook
- Graph with d3.js and IPython Notebook
- Graphs with Python and vincent
- Graphs with Python and d3py
- Graphs with IPython and nvd3
- R with shiny
- Alternatives
- How will you share the graph? (no share, image, web + HTML and Javascript, web + R)
- Can you see the graph you want to do in galleries?
Use of IPython (qt)console
The QtConsole looks like a command line window but is able to display images inline using matplotlib:
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2013-08-01 Datamining avec R ou Python
Il est devenu assez facile de travailler avec R. Même si je trouve toujours le langage compliqué, il faut avouer que des outils comme RStudio rendent l'outil indispensable et de moins en moins difficile d'accès. On peut importer ses données depuis une grande variété de format, créer des rapports en utilisant knitr ou encore créer une application web avec shiny. Il existe un package pour presque tout comme pour faire des tests unitaires avec RUnit.
J'ai pour habitude de faire le plus de choses possibles en Python, de passer au C++ quand c'est vraiment nécessaire et d'utiliser R pour tout ce qui statistiques. R a l'avantage d'avoir une modèle suivi par tous les packages alors que les modules Python suivent leur propre logique le plus souvent.
Un exemple sur les méthodes à noyau : sous R, il faudrait utiliser le package kernlab, sous Python, on se dirigerait vers scikit-learn. Les packages sous Python sont souvent plus gros car les auteurs auront voulu intégrer de nombreux algorithmes selon la même logique. Sous R, chaque package a un périmètre plus réduit et suit les mêmes conventions. Comme Python s'interface avec à peu près tout y compris R, je préfère ce langage dont la syntaxe me paraît plus facile même si je n'hésite pas à repasser à R dès qu'il le faut.
C++
Les deux langages permettent d'inclure des morceau de C++ si nécessaire. Python dispose de diverses façons~: Cython, Boost.Python, ou cffi. Avec R, il y a Rcpp (tutoriel sur Rcpp, il faut aussi installer devtools). Est-ce que le langage C va disparaître ? Pour le moment, si les langages de scripts sont beaucoup plus utilisés, les compilateurs sont la plupart du temps écrits en C++. De nombreuses extensions ont été écrites en C++ (voir Eigen par exemple). Ce langage est souvent un choix raisonnable lorsqu'on veut écrire du code très rapide.
Graphiques
L'outil qui prend un peu plus d'importance ces temps-ci est d3.js car il permet de réaliser des graphiques facilement intégrables sur un site web, un journal en ligne, qu'il permet de faire plus facilement des animations et surtout, comme il est écrit en javascript, il permet de créer des graphes qui réagissent à la souris ou au clavier. Je n'arrive pas encore à trouver un module qui le rende facilement utilisable depuis Python. L'article Method: Data visualization with D3.js and python - part 1 décrit comment s'y prendre sans toutefois citer de module dédié à cet usage. Ca ne devrait pas tarder. Sous R, sans être javascript, il existe ggplot2 qui propose des graphes assez jolis.
Big Data
Enfin, dans le domaine des Big Data, les solutions lourdes type Map/Reduce Hadoop sont de plus en plus fréquentes lorsqu'on traite des données qui arrivent en continu (internet, téléphone, consommation d'énergie...). Pour le reste, un ordinateur portable avec quelques giga octets de mémoire et un disque dur conséquent suffit. Des outils existent pour ne pas avoir à charger une base complète en mémoire. C'est le cas de ff et ffbase (ou ça bigvis) sous R. Sous Python, l'environnement de travail le plus approprié est IPython. Pour manipuler les données, on trouve pandas ou PyTables.
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Xavier Dupré
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